給与計算・年末調整

～ 「去年の年末調整、間違っていたかもしれない」と気づいた社長へ ～

「従業員から『去年の源泉徴収票、扶養の人数が違っていませんか』と言われた」
「税務署から扶養控除の見直しの連絡が届いた」
「給与担当が辞めて引き継いだら、2年前の年末調整に入力ミスがあった」

年末調整のミスは、その場では気づかず、何か月も、ときには何年もたってから見つかることがよくあります。そのとき社長が一番知りたいのは「今からでも会社で直せるのか」「従業員に何を頼めばいいのか」「住民税はどうなるのか」の3つではないでしょうか。

この記事では、前年や2年前の年末調整のミスに後から気づいたとき、会社が何をすればいいかを、ミスの種類と時期で分けて整理します。

年末調整の訂正で最初に見るのは「今がいつか」です。目安になるのは、源泉徴収票と給与支払報告書の提出期限である翌年1月31日です。

「何年前のミスか」よりも、「ミスの向き（不足か取りすぎか）」と「1月31日を過ぎたかどうか」で対応が決まる、と覚えておくと迷いません。

年末調整のミスは、大きく2つの向きに分かれます。

この時期なら、会社で年末調整をやり直す「再年末調整」で直すのが基本です。

この場合は、何年前の分であっても会社が是正します。放置すると、後から税務調査で指摘されたときに加算税・延滞税が重くなります。

1月31日を過ぎて源泉徴収票を出したあとに控除漏れが見つかった場合は、従業員本人が確定申告（還付申告）をして取り戻すのが基本です。還付申告は、対象の年の翌年1月1日から5年間できます。

考え方はケース②③と同じです。ただし、年数がたつほど次のことが起こりやすくなります。

• 対象の従業員がすでに退職していて、連絡や精算に手間がかかる
• 当時の申告書・控除証明書が残っておらず、正しい金額を確かめられない
• 同じミスが複数の年、複数の人に広がっている
• 住民税も過去にさかのぼって変わるため、従業員への説明が増える

1人・1年分のミスを見つけたら、「ほかの人・ほかの年にも同じミスがないか」を必ず確認してください。年末調整の申告書は7年間の保存が必要なので、手元の書類で照らし合わせられるはずです。

税金の精算をしただけで終わらせてしまうのが、一番多い失敗です。年末調整の数字は、次の3か所に流れています。

2025年分（令和7年分）の年末調整は、基礎控除や扶養の要件が大きく変わった最初の年でした。新しいルールに慣れないまま処理した会社も多く、今年になって前年分のミスが見つかるケースが出やすい年です。

こうした個別の間違いは、別の記事「年末調整の間違い10選」で詳しくまとめています。

2026年分（令和8年分）の年末調整でも、控除の金額がまた変わります。主なところは次のとおりです。

「去年覚えた数字」が今年はもう違う、という状態です。前年のミスを直すときと今年の年末調整を進めるときで、どちらの年のルールで見ているのかを取り違えないことが大切です。実際の処理にあたっては、国税庁の「年末調整のしかた」など最新の資料で必ず確認してください。

年末調整は「給与計算の一部」であると同時に「税金の手続き」でもあるため、相談先に迷う社長が多いところです。

当事務所では、顧問先の給与計算・年末調整の事務を担当し、税務の判断が必要な部分は会社の顧問税理士の先生と連携して進めています。「どこまでが給与計算の問題で、どこからが税理士の先生に相談すべきことか」の整理からでもお手伝いできます。