給与計算・年末調整

～ 給与計算シリーズ｜担当者がミスをしたとき、社長が最初に知っておきたい「お金」と「処分」の線引き ～

「社長、すみません。去年の年末調整で、計算を間違えていたみたいです」

総務担当者からこう言われたとき、社長の頭に浮かぶのは次のような疑問ではないでしょうか。

• 足りなかった税金は、誰が払うのか
• 税務署から罰金のようなものを取られるのか
• 従業員にどう説明すればいいのか
• ミスをした担当者に、始末書や弁償をさせてよいのか

しかも令和8年分（2026年）の年末調整は、制度が大きく変わる年です。国税庁の資料によると、主な変更点は次のとおりです。

※11月までの毎月の源泉徴収は改正前のまま行い、12月の年末調整で改正後のルールでまとめて精算します。詳しくは国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」をご確認ください。

扶養の判定基準や控除の段階が変わると、去年と同じやり方のままでは計算がずれます。給与ソフトの更新漏れ、古い様式の申告書の使い回し、扶養の判定の勘違い。今年はいつも以上にミスが起きやすい年です。

この記事では、年末調整や給与計算でミスが起きたとき「誰が、何を、どこまで負担するのか」を、社長の立場から整理します。

先に結論をまとめます。

年末調整は、会社が従業員に代わって1年間の所得税を精算する手続きです。給料から所得税を差し引いて国に納める立場の会社を「源泉徴収義務者」といいます。

そのため、計算を間違えて所得税が足りなかった場合、税務署は会社に対して不足分を納めるよう求めます。「担当者が間違えた」「従業員の申告書が間違っていた」という事情があっても、国に対して納める義務を負うのは会社です。

架空の例で考えてみます。社員10人の会社で、総務担当者が年末調整をしました。ある社員の高校生の子どもを扶養親族として申告どおり扶養控除（38万円）の対象にしましたが、実はその子のアルバイト収入が年150万円あり、扶養の基準（今年は給与収入136万円以下が目安）を超えていました。

この場合、扶養控除38万円は使えません。その社員の所得税率が5％なら、足りなかった所得税は約1万9,000円（復興特別所得税を含む）。会社はこの分を税務署に納め、本人から精算してもらうことになります。住民税にも影響が出ます。

源泉所得税を期限までに正しく納めていなかった場合、不足分に加えて次のようなペナルティがかかることがあります。

※延滞税の割合は国税庁「延滞税の割合」（令和8年1月1日以後）によります。加算税がかかるかどうか、具体的な金額は事情によって変わるため、顧問の税理士の先生にご確認ください。

「金額も小さいし、本人に言いにくいから会社で払っておこう」と考える社長もいます。しかし、本来は従業員本人が負担する所得税を会社が肩代わりすると、その分は本人への給与（経済的な利益）として扱われ、さらに課税の問題が出てきます。気持ちはわかりますが、きちんと本人に説明して精算するのが原則です。

会社のミスで追加の負担をお願いするのは、言い出しにくいものです。ただ、ここでの対応が従業員の信頼を左右します。

反対に、ミスで税金を多く取りすぎていた場合は、会社から本人へ速やかに返します。こちらは本人に損がないので後回しにされがちですが、放置すると不信感につながります。

ここからが、社労士として一番お伝えしたいところです。ミスをした担当者に対して、社長がやってよいこと・やってはいけないことには、労働基準法と裁判例による線引きがあります。

始末書は、多くの会社で「けん責」という懲戒処分の一つとして扱われます。懲戒処分をするには、就業規則に懲戒の種類と理由が書かれていて、それが従業員に周知されていることが前提です。就業規則がない、または懲戒の定めがない会社では、処分としての始末書は求められません。

また、うっかりミス1回に重い処分をすると、処分が重すぎるとして無効になるおそれがあります。初めてのミスなら、処分ではなく「何が起きたか・どう防ぐか」をまとめた報告書（顛末書）を書いてもらう方が、再発防止にも役立ちます。

会社が負担した加算税や延滞税を「お前のミスだから払え」と担当者に請求できるか。結論からいうと、全額の請求は原則として認められません。

裁判所は、従業員が仕事中のミスで会社に損害を与えた場合でも、会社は事業で利益を得ている以上、その危険も負担すべきだという考え方をとっています。有名な最高裁判決（茨石事件・昭和51年）では、会社が請求できるのは損害の4分の1までとされました。故意や重大な過失がなければ、請求自体が認められないことも多いのが実情です。

就業規則に定めがあれば、懲戒処分として減給することはできます。ただし金額には上限があります（労働基準法91条）。

• 1回の減給額は、平均賃金の1日分の半額まで
• 何回か処分が重なっても、合計で1回の給料総額の10分の1まで

例えば平均賃金が1日1万円の人なら、1回の減給は5,000円までです。「ミスの損害を減給で取り返す」ことはできない仕組みになっています。

年末調整や給与計算のミスは、担当者が不注意だから起きるとは限りません。1人で全部を抱えている、去年のやり方をそのまま繰り返している、制度の変更を知る機会がない。多くは仕組みの問題です。

今年の年末調整の前に、最低限ここだけは確認しておきましょう。

最後の「別の人が確認する」が、実はいちばん効果があります。社員数人の会社では担当者が1人しかいないことも多いので、その場合は外部の目を入れるのが現実的です。どんなミスが起きやすいかは「年末調整の間違い10選」にまとめています。

• 税務署に不足分を納める義務は会社にある
• 足りなかった所得税は本人の税金なので、説明して精算してもらう
• 加算税・延滞税は会社の負担。放置するほど増えるので、気づいたらすぐ直す
• 担当者への処分は就業規則の範囲で。全額の弁償や給料からの天引きは原則できない
• 令和8年分は改正が多い年。ソフトの更新・新様式・扶養の判定を事前に確認する

給与計算と年末調整は、担当者が1人で抱えるほどミスが起きやすく、起きても気づかれにくい仕事です。当事務所では、税金の判断が必要な部分は顧問の税理士の先生と連携しながら、給与計算と年末調整の「別の目」としてお手伝いしています。今年の年末調整に不安がある方は、提出前の一度だけのチェックからでもご相談ください。